Từ cách đây hàng nghìn năm, người dân Nhật Bản đã biết làm ra những ngôi nhà gỗ để ở, tránh nắng mưa, gió bão. Ban đầu là những gian lều thấp sát đất, lợp rơm, dần dà đã có những ngôi nhà cao với những cây cột kê trên nền đá và nhiều căn phòng thông thoáng có thể ngắm cảnh xung quanh. Đặc biệt tới thế kỷ thứ tám thì kiến trúc cột kèo đã phát triển, cho ra các ngôi đền lớn ở nước này với chiều dài, bề rộng đến hàng chục mét cùng các mảng điêu khắc trang nhã. Cũng từ đây, thế giới đã biết tới nhà gỗ Nhật Bản, dưới thuật ngữ kansai.
Đã từng có khá nhiều kiểu nhà dân gian (minka) ở Nhật Bản tuy nhiên theo thời gian đến nay chỉ còn một số loại nhà thịnh hành gồm ở nông thôn là nhà noka, vùng biển – gyoka và thành thị – machiya. Trong đó ở nông thôn lại có kiểu nhà gassho-zukuri, kabuto-zukuri… Nói chung, một ngôi nhà cổ truyền Nhật Bản đều có một bộ khung hết sức đồ sộ bằng những cây gỗ lớn, tuổi đời cả trăm năm với các vì kèo, cột xà đan xen phức tạp. Nhờ sự vững chãi như vậy nên nó có thể chống chịu nhiều cơn giông bão, lũ lụt, thậm chí động đất do Nhật Bản là một quần đảo, bên dưới vẫn có các hoạt động núi lửa.
Một điều dễ thấy ở mỗi ngôi nhà là một bộ mái rất rộng nhô ra thành các hàng hiên cực dốc giúp chống cái nắng oi ả mùa hè và tuyết mưa nặng trĩu ngày đông. Ở quê, mái nhà thường lợp rơm, còn tại thành phố lợp ngói kawara. Một điểm nữa là nó có một cái nền khá cao, đặc biệt những nhà ở quê rất giống nhà sàn. Để tránh hơi ẩm từ đất, người ta thường làm sàn cao hơn mặt đất vài cấp và lát gỗ xuyên suốt các phòng. Tựu chung, mỗi nhà chỉ có từ một đến hai tầng, nhưng diện tích khá rộng; trung bình mặt sàn ở nông thôn là 178 mét vuông và đô thị 91 mét vuông. Về hình dạng, vị trí, tùy vào điều kiện kinh tế mỗi vùng có một kiểu đặc trưng. Tại vùng Shirakawago, Takayama huyện Gifu và Gokayama huyện Toyama thường gặp kiểu nhà gassho-zukuri với đặc điểm một mái nhọn hình hai bàn tay đang chắp nguyện cầu bình an và là một kiến trúc đặc biệt nhằm chống tuyết đọng. Mặc dù bằng gỗ song cả công trình không hề dùng đinh mà chỉ dùng khớp nối hoặc dây buộc. Ở giữa nhà, thường có một lúc nhiều bếp lửa lớn (irori) vừa để nấu nướng vừa để sưởi ấm cho người, vật nuôi bao gồm gia súc: trâu ngựa, lợn gà và tằm (động vật cũng được nuôi trong nhà). Nhờ nhiệt độ ấm, các con tằm phát triển rất tốt cho nhiều sợi tơ dệt vải và khi bốc lên, khói bếp còn bồi trên gỗ nhiều lớp bồ hóng, giúp gỗ không bị mối mọt, nứt nẻ mà tồn tại trăm năm. Do ở quê, đất đai rộng rãi, các nhà thường cách xa hàng chục mét. Ở thành thị, tiêu biểu nhất là nhà machiya, của giới thương nhân buôn bán tập trung nên thường nằm liền kề, tạo thành các tuyến phố. Nó có mặt tiền rất nhỏ, chỉ khoảng ba mét nhưng chạy sâu về sau tới 20 mét, bên trong để ở, ít nuôi gia súc, đầu hồi thường là cửa hàng (mise no ma), kế đến là nơi sinh hoạt (kyoshitsubu) và cuối cùng là bếp, kho chứa (doma). Mỗi nhà đều có nhiều cửa, mành che đảm bảo an ninh tuy nhiên cũng có lúc người ta lại chúng ra lấy chỗ trưng bày hàng hóa. Mặc dù chật chội song gia chủ vẫn dành một số diện tích nhất định phía sau để làm vườn tược tăng nguồn sinh khí, phong cảnh tươi đẹp. Tùy sở thích mà có nhà chơi nước, có nhà chơi đá và trồng cây xanh quanh năm. Một số cây họ thu thành các chậu kiểng bonsai chỉ nhỏ bằng cái bát và có thể mang đi trưng bày khắp nơi.
Đại thể trong nhà Nhật Bản có các khu vực sau: Đầu tiên là gian cửa (genkan)- một ô nhỏ đầu hồi cho mọi người đặt chân khi mới bước vào. Đến đây, cả chủ lẫn khách đều phải bỏ dép rồi hãy vào nhà. Hoặc là để dép dưới đất hoặc đặt chúng trên giá (getabaco). Tiếp theo là khu sinh hoạt chung (ima) gồm các phòng khách (rokujo) bằng khoảng sáu tấm chiếu trở lên, khu vui chơi của trẻ (yojo-han, bốn chiếu rưỡi), phòng ăn, phòng ngủ… Cuối cùng là hậu đường gồm nhà bếp (daidokoro), nhà tắm (sento) và nhà tiêu (bento). Người Nhật Bản phân biệt rất rạch ròi giữa nhà tắm, khu vệ sinh và nhà tiêu. Trong nhà tắm thường có bồn tắm (ofuro), cho mọi người có thể ngâm mình thư giãn song người ta luôn phải vệ sinh thân thể thật sạch trước khi ngồi vào bồn tắm. Việc vệ sinh, xả hết cặn bã được thực hiện ở một góc khác kế cận trong nhà tắm, và nếu là đi nặng hay nhẹ thì sẽ thực hiện ở nhà tiêu. Ngoài ra, quanh nhà, nhất là vùng nông thôn còn có các hành lang gỗ (engawa), nhô ra từ sàn nằm dưới mái hiên. Dọc hành lang thường treo mành trúc chắn gió mưa và tạo nên một lối đi huyền bí.
Do sự khác lạ cả về kiến trúc lẫn nội thất nên mỗi gian phòng của nhà cổ truyền Nhật Bản được gọi là washitsu- phòng kiểu Nhật, nó khác với phòng kiểu Thái, Malaysia hay Pháp… Đó là một căn phòng có vách được làm từ các khung gỗ dán giấy có thể kéo ra đẩy vào. Trong phòng rải chiếu hoặc đệm, ở một số góc treo tranh, cắm hoa. Tuy nhiên, có rất ít đồ đạc và đều có thể thu nhỏ hết mức. Cũng vì thế không có quy định cụ thể về chức năng, mục đích cho mỗi căn phòng. Phòng nào cũng có thể là phòng khách, ăn, học, ngủ, nghỉ nhờ đồ đạc có thể tháo ra. Sau khi dựng nhà, gia chủ dùng các vách nhẹ bằng khung gỗ dán giấy đục, cho che từ trên cao sát mái xuống sàn, vừa làm tường vừa làm cửa, gọi là cửa kéo (fusuma). Hàng ngày, họ thường dùng nhiều fusuma để tạo nên nhiều không gian riêng tư cho mỗi thành viên gia đình song đến lúc có hội hè lại tháo chúng ra cho rộng. Phía trên fusuma thường có các ô trang trí (ranma) đục lỗ hoặc điêu khắc có tác dụng cho ánh sáng và không khí bên ngoài tràn vào phòng. Những nơi thiếu sáng hay sát với ngoài trời, sẽ có những vách – cửa kéo có ô mắt cáo dán giấy trong, mỏng (shoji) đặt dọc ngôi nhà để nắng dọi vào. Bao quanh ngôi nhà và đặc biệt là các ô cửa sẽ treo những mành trúc (sudare) để chắn mưa gió, bình thường người ta sẽ vén, cuộn chúng lên cao còn khi nắng gắt quá thì hạ chúng xuống.
Với thói quen sinh hoạt trên sàn, nhà cửa Nhật Bản được giữ gìn rất sạch và trên nền nhà, trong mỗi căn phòng thường rải những tấm chiếu rơm (tatami) màu trắng (cũng có thể có những màu sắc khác), kích cỡ khá đa dạng như ở nông thôn là 191* 95,5 centimet và thành thị 180*90 centimet. Mỗi gian phòng, nhất là phòng khách được rải khá nhiều chiếu. Diện tích của nó thường được đo bằng chính số chiếu này. Ví dụ như 12 chiếu, tám chiếu hoặc năm chiếu…Vào mùa đông, có thêm những chiếc nệm mỏng (zabuton) để ngồi thay cho ghế và nệm nằm (futon) thay cho giường. Trong phòng khách luôn có một khu vực cao treo tranh chữ, cắm hoa, bày các chai lọ gọi là góc nghệ thuật (tokonoma), cạnh đó có các giá gắn tường (chigaidana) để vật trưng bày. Ngoài vườn thì đây là một trong những nơi đẹp nhất của ngôi nhà và là bộ mặt của gian phòng. Phòng khách có được hấp dẫn hay không là nhờ tokonoma. Gia chủ cũng hay tổ chức tiệc trà ở đây và mời quý khách ngồi ở phía trước tokonoma. Những ai được ngồi tại vị trí này đều rất vinh dự. Tại phòng thờ lại có một khán thờ Phật (butsudan) giống như một chiếc tủ đặt tượng Phật đối với những gia đình Phật Tử và ban thờ tổ tiên (kamidana) kê sát trần nhà để gia chủ thờ cúng thân nhân. Hai ban này cũng được trang trí tuyệt đẹp.
Giống như nhà, nội thất, dụng cụ phần lớn đều bằng gỗ và có thể thu gọn nhanh chóng. Trong phòng của trẻ, bên dưới cửa sổ thường có một cái bàn kê sát vách (tsukeshoin) làm nơi học tập của các em, một cái giá sách đựng các loại sách báo thiết yếu. Ở phòng ngủ, có một cái tủ đựng chăn đệm (oshiire). Ban ngày, các tấm nệm được cất vào đây và đến tối sau bữa ăn lại mang ra. Trong phòng khách có một tủ tổng hợp (dansu) và một cái bàn thấp (chabudai). Cái tủ này có rất nhiều ngăn đựng được từ các loại quần áo đến cốc tách, thuốc men,… và tùy vào cất trữ cái gì được gọi theo cái đó như tủ dùng cho nghệ thuật trà là chadansu. Không chỉ vậy, nó còn có nhiều hình dạng. Với các ngăn kéo di động người ta có thể dựng nó thành nhiều hình khác nhau và làm một cái thang để leo lên tầng trên (Đa số nhà dân không lắp cầu thang). Hàng ngày, mọi người thường kê giữa phòng một cái bàn chân cụt ngồi ăn cơm, đọc sách, xem phim và sau khi dùng thì gập cất đi. Vào mùa đông, họ còn có một loại bàn đặc biệt- bên dưới lắp lò sưởi (kotatsu). Phía trên để cơm canh, sách vở như thường song phía dưới phủ một tấm chăn và gắn lò sưởi chân. Cái bàn này đã ra đời từ lâu ở các ngôi đền Phật giáo. Do thời tiết lạnh, các thiền sư đã dùng khay gắn vào gầm bàn và xúc than nóng vào khay sưởi ấm song hôm nay cái khay đã được thay bằng hệ thống lò sưởi. Cũng có tác dụng sưởi ấm và để nấu ăn phục vụ đông người ngày lạnh, ở phòng khách thường có một vài cái bếp (irori) đặt giữa sàn và trên trần buộc dây gắn móc (jizaikagi) thòng xuống để treo ấm nước khi định đun nấu.